Figlio del senatore Giovanni Treccani degli Alfieri fondatore dell'Istituto Treccani che cura la pubblicazione dell'omonima enciclopedia iniziò in giovanissima età a far parte dei gruppi di avanguardia artistica e antifascista.
Nel 1938 a soli diciotto anni fonda e dirige il periodico "Vita Giovanile", grazie alla fiducia e ai mezzi messi a disposizione dal padre. "Vita Giovanile" diventa presto "Corrente di Vita Giovanile" e poi la rivista "Corrente", uno strumento per organizzare ed esprimere la propria opposizione politica ma anche artistica. Treccani si ritrova improvvisamente ad avere a che fare con personaggi, seppur giovani, di una generazione più matura di lui e di grande rilevanza: attorno alla sua rivista vengono infatti a riunirsi Birolli, Migneco, Sassu, Argan, Ungaretti, Saba, De Grada, Quasimodo, Montale e altri ancora che influirono notevolmente sulla crescita artistica, culturale e politica del giovane Ernesto.
Frequentava all'epoca la facoltà di ingegneria e per questo ha avuto modo di entrare in contatto con i movimenti di avanguardia del fascismo.
Intorno al 1940 inizia a dipingere e prende parte alla mostra collettiva che si svolge presso la Bottega di Corrente, ma la sua prima personale risale al 1949 presso la Galleria del Milione. Nel 1950, e poi nel 1952 e nel 1956 partecipò alla Biennale di Venezia iniziando inoltre ad esporre le sue opere a Londra e a New York. Con l'inizio della guerra la pubblicazione della sua rivista viene soppressa e come risposta l'artista aderisce al Partito comunista diventandone un attivista. Nel dopoguerra, forte dell'esperienza nel partito e delle nuove conoscenze partigiane, entra nella redazione de "Il '45" una rivista su cui scrivono, tra gli altri, Elio Vittorini, Mario De Micheli e Raffaele De Grada. Successivamente, sempre con personaggi del nuovo establishment si distingue all'interno del gruppo di "Pittura", cui prendono parte nomi noti come Giuseppe Ajmone, Alfredo Chighine, Franco Francese e Giovanni Testori.
Nel frattempo, ormai noto al grande pubblico, entra nel nuovo movimento realista italiano, cui appartengono molti scrittori ex partigiani.
Nel 1978, a Milano, ha dato vita alla Fondazione Corrente, con un programma mirante allo studio del periodo storico compreso tra la nascita del movimento di Corrente di Vita e gli anni del Realismo, oltre al dibattito di temi dell'attualità culturale.
A partire dal mese di novembre 2005 la sua opera è promossa, valorizzata e tutelata dal Comitato per la tutela dell'opera di Ernesto Treccani, con sede presso la residenza milanese del Maestro.
È deceduto a Milano il 27 novembre 2009